In una larga padella fate appassire con qualche cucchiaio d'olio la cipolla e l'aglio tritati.
Unite le zucchine tagliate a rondelle e fate andare a fuoco vivace per qualche minuto. Aggiungete i pomodori tagliati a cubetti, regolate di sale e pepe e finite di cuocere.
Preparate la besciamella: in un pentolino antiaderente fate sciogliere il burro, unite la farina, mescolate bene con una frusta per non formare grumi e unite il latte caldo.
Aggiungete un pizzico di sale, una grattatina di noce moscata e fate cuocere fino a che la salsa non si è addensata, in ultimo unite un cucchiaio di parmigiano. Spegnete il fuoco e fate intiepidire.
Lessate la pasta, scolatela al dente e mescolatela al sugo di zucchine e a metà della besciamella.Imburrate una pirofila, versate una parte della pasta, cospargete con abbondante parmigiano, qualche cucchiaio di besciamella e ricoprite con la rimanente pasta.
Fate l'ultimo strato con la besciamella rimasta, e sopra abbondante parmigiano e qualche fiocchetto di burro.
Mettete in forno già caldo a 200° per circa 20/25 minuti o fino a gratinatura.