Versare le vongole in una casseruola con 3 cucchiai di olio di oliva, lo spicchio di aglio e 1 cucchiaino di sale, coprire e far cuocere per 3-4 minuti. Tenere 20 vongole con la conchiglia e sgusciare le altre.
Filtrare il liquido di cottura e metterlo da parte. Tagliare le cipolle a fettine sottili, sistemarle in una padella antiaderente con 2 cucchiai di olio di oliva, l?acqua e 1 cucchiaino di sale e farle cuocere a fuoco lento per circa 30 minuti o sino a quando saranno morbide e cremose.
Nel frattempo, lavare i fiori di zucca, privarli dei pistilli, spezzettarli grossolanamente, aggiungerli alle cipolle e cuocerli per circa 5 minuti. Unire le vongole, il liquido di cottura e lo zafferano e cuocere ancora per qualche minuto.
Far cuocere i paccheri in abbondante acqua salata, scolarli al dente, versarli nella padella con i fiori di zucca e le vongole e far saltare il tutto a fuoco vivace per circa un minuto.
Suddividere i paccheri nei piatti, completare con una punta di pepe nero macinato fresco e servire.