Preriscaldare il forno a 200 C e preparare la teglia da 12 muffin con i pirottini, oppure una teglia da 6 jumbo muffin.
In una ciotola mettere la farina, il cacao, il lievito, il bicarbonato, tuffare le gocce di cioccolato e poi setacciare le farine raccogliendole in un altra ciotola, le gocce saranno coperte da un leggero strato di farina che impedira l'affondamento delle stesse nell impasto durante la cottura.
In una ciotola sbattere leggermente le uova, con lo zucchero e il burro, unire lo yogurt per ultimo.
Aggiungere la farina e amalgamare delicatamente con una spatola, aggiungere le gocce di cioccolato e dividere l'impasto con l'aiuto di un aggeggio per fare le palline di gelato.
In questo modo i muffin saranno tutti dello stesso peso e cuoceranno uniformemente.
Infornare per circa 20 minuti. Togliere dal forno e far raffreddare 5 minuti nella teglia, rimuovere i muffin dalla teglia e far raffreddare su una gratella completamente.